当然，同位素碘治疗也有不足之处。让很多人无法接受的最大缺点就是：相当一部分甲亢患者，会在治疗后转变为「终生性甲减」，需要长期补充甲状腺素。把一种病变成另一种病、还得终生用药，这算什么治疗？相信很多人会有这样的疑惑。其实，甲亢治疗复杂、对机体损伤大，而甲减易于诊断、治疗简单，只要给甲减患者补充适量甲状腺素，就几乎与健康人无异。因此，两权相较取其轻，以「甲减」易「甲亢」，这是值得的。当然，医学普遍共识无法替代个体价值判断，具体选择，还得患者自己决定。 注意，如果患者符合以下特点，则不适合应用同位素碘治疗： 处于妊娠、哺乳期，或者在未来6个月内有妊娠计划； 甲亢合并甲状腺癌患者； 甲亢患者合并中重度活动性眼部病变。 甲亢十分常见，每位甲亢患者免不得要在医生指导下，在药物、手术、同位素这三板斧中做出选择。学习、了解疾病及其治疗的相关知识，能帮助我们作出正确、理性的决定，并让治疗达到最佳效果。
